Das Nissenhaus zeigt die zahlreichen Malereien und Kunstgegenstände aus dem Nachlass Nissens. Weitere Ausstellungen befassen sich mit den Themen Deichbau und Küstenschutz, dem Untergang Rungholts oder der nordfriesischen Wohnkultur. Dank dieser kulturellen Vielfalt ist das Nissenhaus weniger ein Museum und vielmehr ein lebendiger Ort der Vermittlung.